Notre équipe

De nombreuses personnes travaillent afin qu’iPOP-UP puisse améliorer le paysage de la bioinformatique au sein de l’Université Paris Cité

Comité de direction

Les grandes décisions d’iPOP-UP sont prisent par son comité de direction.

Porteur·euses

• Franck Letourneur (biologiste moléculaire, Université Paris Cité), est un ingénieur de recherche, et manager de la plateforme GENOM’IC de l’Institut Cochin (INSERM U1016). Cette structure portant le label Ibisa est spécialisée dans les analyses de transcriptomes utilisants des méthodes de séquençages de nouvelle génération, à la fois produisant et traitant les données.
  
• Valérie Mezger
• Pierre Tufféry  est Directeur de Recherche à l’INSERM, et responsable de l’équipe Modélisation Computationnelle des Interactions Protéine-Ligand dans l’unité Biologie Fonctionelle et Adaptative (BFA). Ses intérets de recherche incluent la modélisation des interractions protéine-peptide et le design de peptide. Il est également le fondateur de la platforme RPBS, qu’il a dirigé de 2004 à 2021.
• Michel Werner a poursuivi ses recherches depuis 1989 jusqu’en 2017 au CEA de Saclay où il est arrivé en tant que post-doctorant. Il a été embauché comme chercheur en 1991 puis a exercé diverses responsabilités : dont celles de chef d’équipe, chef de laboratoire, de service, de département et d’institut. Il est depuis 2018 le directeur de l’Institut Jacques Monod à Paris. Ses travaux de recherche ont porté sur les mécanismes de base de la transcription chez les eucaryotes, en général, et chez Saccharomyces cerevisiae, en particulier. Il participe à de nombreux conseils scientifiques d’organismes et fondations chargés de financer la recherche.
  

Membres permanent·es

• Karine Audouze (Biologie des systèmes, Université Paris Cité), est professeure de bioinformatique et biologie des systèmes à l’Université Paris Cité, et responsable du groupe SysTox. Ses recherches portent notamment sur l’évaltuation des facteurs environnementaux sur la santée humaine en utilisant des méthodes informatiques.
  
• Marc Baaden  (Chimiste, Université Paris Cité), est Directeur de Recherche au CNRS, et directeur du Laboratoire de Biochimie Théorique (UPR9080). Ses intérêts de techerche incluent l’étude des protéines membranaires via l’ustilisation de High Performance Computing, le développement de nouvelles méthodes bioinformatiques qu’il partage avec la communauté. Ses recherche combinent simulation protéique et bioinformatique sous HPC, réalité virtuelle, visualisation et activités de diffusion.
  
• Florent Barbault (chimiste, Université Paris Cité) est maître de conférences au sein du laboratoire ITODYS. Il est responsable de l’équipe “chimie théorique et modélisation” et coordonnateur des différentes thématiques. Il développe une expertise sur la modélisation des biomolécules, biomatériaux et biocapteurs à l’échelle atomique par une combinaison d’approches complémentaires.
  
• Pierre Gressens est Directeur de Recherche (DRCE) à l’INSERM, et responsable de l’unité de recherche “Neurodevelopmental and Neurovascular Disorders” (UMR1141, Inserm – Université Paris Cité). Ses recherches portent sur les troubles du développement neurologique, la compréhension de leur physiopathologie et la conception de nouvelles stratégies de neuroprotection, en utilisant différents outils, notamment la bioinformatique intégrée avancée. Il est également l’un des principaux fondateurs de l’Institut du cerveau de l’enfant à l’hôpital Robert Debré.
  
• Pascale Lesage est Directrice de Recherche au CNRS et co-responsable de l’équipe « Biologie du génome : de l’ADN mobile à la dynamique des chromosomes » à l’Institut de Recherche Saint Louis (UPC, Hôpital Saint Louis). Ses travaux de recherche portent principalement sur l’étude des éléments transposables, les mécanismes qui contrôlent leur mobilité et leurs impacts sur le génome dans le modèle eucaryote Saccharomyces cerevisiae. Elle co-dirige également le GDR 3546 « Les Eléments Génétiques Mobiles : du mécanisme aux populations, une approche intégrative », et est membre du bureau de l’Association l’Arbre des connaissances.
  
• Nicolas Leuliot
• Bruno Lucas
• Fabiola Terzi

Membres consultant·es

• Claire Mangeney (Chimiste, Université Paris Cité), est professeure de chimie et responsable  du groupe de Nano Bio-Spectrométrie dans le Laboratoire de Chimite et Biochimie pharmacologiques Toxicologiques (LCPBT). Ses recherche sont à l’interface entre la chimie des surfaces, les nanotechnologies et la biologie, avec un intéret particulier sur la création de nanomatériaux hybrides en vue d’application dans les technologies de spectrimétrie pour la biologie. Elle est également vice-doyenne des plateformes scientifiques et des équipement de la Faculté des Sciences.
• Jacques van Helden
• Alain Zider

Comité technique/technologique

• Cristophe Cerin (Informatique, Université Sorbonne Paris Nord), est professeur d’informatique à l’Université Sorbonne Paris Nord, et responsable scientifique de la plateforme de calcul MAGI. Ses recherches portent sur le calcul parallèle, le cloud computing, le calcul haute performance et le big data. 
  
• Yves Clément, (Institut Jacques Monod, Université Paris Cité) est professeur assistant  dans l’équipe Cellule souches, dévellopement et évolution où il travaille sur la génomique comparative, la biologie de l’évolution et de la génomique fonctionelle afin de déterminer les origines et la variabilité de la régénération chez les animaux. Il enseigne également les biostatistiques et l’analyse de grand jeux de données OMICs .
  
• Magali Hennion, (Université Paris Cité) est ingénieur de recherche CNRS, responsable de la plateforme BiBs qui apporte un soutien en bioinformatique et biostatistique aux membres de l’unité Epigénétique et Destin Cellulaire. Elle est spécialisée dans l’analyse des données de séquençage haut-débit, principalement en transcriptomique et en épigénomique. Elle développe des outils pour rendre les analyses reproductibles et accessibles au plus grand nombre.
• Jean-Phillipe Jaïs
• Olivier Kisrh (Centre épigénétique et destin cellulaire, Université Paris Cité) est maître de conférence au sein de l’UFR Science du Vivant. Il enseigne les biostatistiques, la biologie moléculaire et la bio-informatique pour les analyses de données omiques. Il anime avec Magali Hennion la plateforme BiBs. Biologiste de formation, il s’intéressent aux analyses de données d’épi-génomiques et travaille sur la dynamique de la méthylation de l’ADN avec l’équipe du Dr Defossez. 
  
• Pierre Poulain
• Julien Rey
• Benjamin Saintpierre, (Université Paris Cité) bioinformaticien à la plateforme GENOM’IC de l’Institut Cochin. Il est responsable de l’analyse bioinformatique des projets RNA-Seq et scRNA-Seq de la plateforme, depuis l’alignement jusqu’aux analyses statistiques, y compris le clustering. Il apporte également un support bioinformatique dans la compréhension des dernières techniques publiées, sur la publication des données et il encadre plusieurs étudiants en bioinformatique. Il est également responsable du HUB de bioinformatique de l’Institut Cochin.
• Guillaume Seith
• Niclas Setterblad
• Alix Silvert, (Université Paris Cité) est responsable scientifique d’iPOP-UP. Iel manage les aspects communautaire d’iPOP-UP, notamment en gérant l’animation d’évènements bioinformatique, mais iel apporte également de l’aide directe en bioinformatique. Spécialiste en transcriptomique, iel assiste principalement dans les traitements de données single cell.
• Sjoerd de Vries