Notre équipe

Comité de direction

Les grandes décisions d’iPOP-UP sont prises par son comité de direction.

Responsables des Structures Fondatrices et porteuses du projet

• Valérie Doye est la directrice de l’Institut Jacques Monod. Directrice de recherche au CNRS, elle dirige également l’équipe « Fonctions non-conventionnelles des pores nucléaires », où elle étudie le rôle des nucléoporines dans le transport intracellulaire, la division cellulaire et la régulation génétique. Après une thèse sur la différenciation neuronale (Université Pierre et Marie Curie, 1991) et un post-doctorat à Heidelberg, elle intègre le CNRS en 1994. Reconnue pour ses travaux novateurs, elle est récompensée par la médaille d’argent du CNRS en 2009. À l’Institut Jacques Monod depuis 2008, Valérie Doye utilise des modèles tels que les cellules souches et les organoïdes pour explorer comment les anomalies des nucléoporines peuvent être liées à des maladies héréditaires humaines.
• Franck Letourneur (biologiste moléculaire, Université Paris Cité) est un ingénieur de recherche INSERM, manager de la plateforme GENOM’IC de l’Institut Cochin (INSERM U1016). Cette structure portant le label Ibisa est spécialisée dans les analyses de transcriptomes basées sur la production et l’analyse de données RNAseq provenant de tissus, de cellules uniques ou de coupes histologiques.
  
• Valérie Mezger est directrice de recherche au CNRS, dirige l’UMR 7216 « Épigénétique et Destin Cellulaire » à Université Paris Cité. Elle a soutenu sa thèse de doctorat en 1991 à l’Université Paris-Sud sur la réponse au stress thermique et ses effets sur la régulation génétique. Elle a ensuite effectué un post-doctorat au Dana-Farber Cancer Institute (Harvard Medical School, États-Unis), où elle s’est spécialisée dans les mécanismes moléculaires de la régulation de l’expression des gènes en réponse au stress. Depuis, ses travaux se concentrent sur les mécanismes épigénétiques et leur rôle dans la plasticité cellulaire, la différenciation et certaines pathologies humaines. À la tête de l’UMR 7216, elle coordonne des recherches multidisciplinaires, associant biologie moléculaire, épigénétique et modélisation intégrative, pour mieux comprendre comment les signaux environnementaux influencent l’identité cellulaire. Sous sa direction, l’unité a consolidé son rayonnement international grâce à des collaborations de haut niveau et des approches innovantes.
• Pierre Tufféry  est Directeur de Recherche à l’INSERM, et responsable de l’équipe Modélisation Computationnelle des Interactions Protéine-Ligand dans l’unité Biologie Fonctionelle et Adaptative (BFA). Ses intérets de recherche incluent la modélisation des interactions protéine-peptide et le design de peptide. Il est également le fondateur de la platforme RPBS, qu’il a dirigé de 2004 à 2021.

Membres consultant·es

• Bertrand Cosson est professeur de biologie moléculaire à Université Paris Cité, avec une expertise centrée sur la régulation de l’expression génique et l’analyse bioinformatique des données de séquençage à haut débit. Ses recherches combinent biologie moléculaire et bioinformatique pour explorer la régulation post-transcriptionnelle et épigénétique, notamment la stabilité et la traduction des ARNm dans divers contextes biologiques. En parallèle de ses activités de recherche, Bertrand Cosson dirige le Diplôme Universitaire « Création, analyse et valorisation de données biologiques omiques » à l’UFR Sciences du Vivant, où il met l’accent sur l’application des outils bioinformatiques pour répondre à des problématiques biologiques. Il contribue activement à la communauté universitaire en développant des échanges scientifiques et pédagogiques avec des universités européennes et en promouvant la bioinformatique comme un levier pour la recherche en biologie. Il a été nommé responsable scientifique d’iPOP-UP en octobre 2024.

Comité scientifique et technique

• Nicolas Chevrollier est ingénieur de recherche à l’Inserm, affilié à l’équipe « Modélisation Computationnelle des Interactions Protéine-Ligand » de l’Unité de Biologie Fonctionnelle et Adaptative (BFA) à l’Université Paris Cité. Ses travaux se concentrent sur la modélisation des interactions protéine-ligand, contribuant à la compréhension des mécanismes moléculaires essentiels en biologie. Il est également impliqué dans la formation des étudiants en bioinformatique et en biologie computationnelle, renforçant ainsi l’expertise scientifique de l’Université Paris Cité dans ces domaines.
• Yves Clément (Institut Jacques Monod, Université Paris Cité) est professeur assistant dans l’équipe Cellules souches, développement et évolution où il travaille sur la génomique comparative, la biologie de l’évolution et la génomique fonctionnelle afin de déterminer les origines et la variabilité de la régénération chez les animaux. Il enseigne également les biostatistiques et l’analyse de grands jeux de données omiques.
• Thomas Denecker est bioinformaticien et représentant de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB). Expert en analyse des données omiques (RNAseq, ChIP-seq, métagénomique) et en gestion d’infrastructures de calcul haute performance, il contribue à développer des outils bioinformatiques adaptés aux besoins de la recherche. Passionné par le transfert de compétences, il accompagne les biologistes dans leurs projets en fournissant un soutien technique et méthodologique. Son engagement s’étend également à la formation, visant à rendre la bioinformatique accessible à un large public scientifique.
• Bertrand Cosson est Professeur à l’Université Paris Cité et responsable scientifique d’iPOP-UP depuis octobre 2024 (profil ci dessus).
• Magali Hennion (Université Paris Cité) est ingénieur de recherche CNRS, responsable de la plateforme BiBs qui apporte un soutien en bioinformatique et biostatistique aux membres de l’unité Épigénétique et Destin Cellulaire. Elle est spécialisée dans l’analyse des données de séquençage haut-débit, principalement en transcriptomique et en épigénomique. Elle développe des outils pour rendre les analyses reproductibles et accessibles au plus grand nombre.

• Olivier Kirsh est maître de conférences à l’Université Paris Cité. Il enseigne diverses disciplines allant de la biostatistique à la biologie et physiopathologie moléculaire, en passant par la génomique fonctionnelle et la bioinformatique. Il enseigne également en formation continue (école de bioinformatique de Roscoff et atelier INSERM, Cancéropole Ile de France, DU bioinformatique intégrative). Au sein de l’unité « Épigénétique et Destin Cellulaire » (UMR 7216), il partage son temps entre l’équipe de P.A Defossez et la plateforme de bioinformatique & biostatistique (BiB). Il développe et optimise des outils et méthodes d’analyse de données omics sur cluster de calcul à haute performance nécessaires sur des projets de recherche en épigénomique (méthylation de l’ADN) et régulation de l’expression des gènes.

• Nikolaos Konstantinides est chef de l’équipe « Neurobiologie développementale comparée » à l’Institut Jacques Monod. Ses recherches visent à comprendre comment la diversité neuronale se développe au cours de l’embryogenèse et évolue sur des échelles de temps évolutives. Pour ce faire, son équipe utilise le séquençage unicellulaire et les outils génétiques de la drosophile afin de caractériser les mécanismes complexes du neurodéveloppement et leur évolution. Après des études de biologie à l’Université d’Athènes, il a obtenu un master en biologie moléculaire et biomédecine à l’Université de Crète. Il a poursuivi avec un doctorat en 2014, portant sur la régénération des appendices chez le crustacé amphipode Parhyale hawaiensis. Il a ensuite effectué un post-doctorat au sein du laboratoire de Claude Desplan à l’Université de New York, où il a étudié les mécanismes de spécification neuronale dans le système visuel de la drosophile. En 2021, il a été nommé au CNRS et a établi son propre groupe de recherche à l’Institut Jacques Monod. En 2023, il a été sélectionné pour rejoindre le FENS-Kavli Network of Excellence, reconnaissant ainsi ses contributions significatives dans le domaine des neurosciences.
• Joël Marchand est ingénieur de recherche au CNRS, affilié à l’Institut Jacques Monod (IJM) depuis 2021. Il a dirigé le groupement de service Mathrice des informaticiens au sein des laboratoires de mathématiques de 2000 à 2006. Il a contribué à la naissance, la structuration et la dynamisation de ce réseau humain d’une centaine de membres. Il a été honoré de la médaille de cristal du CNRS en 2002. Il a évolué dans différents environnements scientifiques : mathématiques, astronomie, université pluri-disciplinaire, sciences humaines et sociales, biologie. Il a occupé des fonctions variées : administration d’infrastructures techniques, pilotage de projets, encadrement d’équipes. Sensible à l’impact environnemental de l’informatique, il essaie d’optimiser les investissements et les architectures pour minimiser les objets et maximiser leur usage dans le temps.
• Julien Rey est ingénieur de recherche en bioinformatique au sein de l’équipe « Modélisation Computationnelle des Interactions Protéine-Ligand » de l’Unité de Biologie Fonctionnelle et Adaptative (BFA) à Université Paris Cité. Il co-coordonne également la plateforme de Bioinformatique Structurale RPBS (Ressource Parisienne en Bioinformatique Structurale), labellisée IBiSA et membre de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB). Ses travaux se concentrent sur le développement d’outils bioinformatiques pour l’identification des sites de liaison peptide-protéine, contribuant à la compréhension des interactions moléculaires. Il a notamment co-développé PEP-SiteFinder, un outil permettant l’identification des sites de liaison des peptides sur les surfaces protéiques. Julien Rey est également impliqué dans l’enseignement, participant à la formation des étudiants en bioinformatique et en biologie computationnelle. Son expertise contribue au rayonnement scientifique de l’Université Paris Cité dans le domaine de la bioinformatique structurale.
• Benjamin Saintpierre (Université Paris Cité) bioinformaticien à la plateforme GENOM’IC de l’Institut Cochin. Il est responsable de l’analyse bioinformatique des projets RNA-Seq et scRNA-Seq de la plateforme, depuis l’alignement jusqu’aux analyses statistiques, y compris le clustering. Il apporte également un support bioinformatique dans la compréhension des dernières techniques publiées, sur la publication des données et il encadre plusieurs étudiants en bioinformatique. Il est également responsable du HUB de bioinformatique de l’Institut Cochin.
• Jacques Van Helden est Professeur de bioinformatique à l’Aix-Marseille Université (AMU) et directeur adjoint de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB). Il a soutenu sa thèse de doctorat en 1993 à l’Université Libre de Bruxelles, consacrée à l’analyse bioinformatique de la régulation transcriptionnelle. Il a ensuite effectué un post-doctorat à l’Institut Pasteur (Paris), où il s’est spécialisé dans le développement d’outils pour l’analyse des réseaux de régulation génétique et métabolique. Expert en bioinformatique et biologie des systèmes, Jacques van Helden a joué un rôle clé dans le développement de plateformes bioinformatiques et de bases de données largement utilisées par la communauté scientifique internationale. En tant que directeur adjoint de l’IFB, il contribue à la coordination du réseau national des plateformes de bioinformatique, soutenant la recherche en sciences de la vie grâce à des outils de pointe, des formations et une expertise technique avancée. Il participe activement à la stratégie de l’IFB, visant à renforcer les infrastructures bioinformatiques en France et à promouvoir des collaborations à l’échelle européenne et internationale.

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