Intérêts de recherche
Valérie Mezger et son équipe (Interface Développement et Environnement) sont animés par un fort intérêt pour l’interaction entre les réponses au stress, le neurodéveloppement et les mécanismes épigénétiques dans le cerveau en développement, en réponse aux agressions prénatales (composés toxiques, infections, …). Ils ont récemment développé des modèles d’organoïdes cérébraux de troubles du développement neurologique appartenant aux chromatinopathies et collaborent activement avec les généticiens et les neuropédiatres de l’Hôpital Robert Debré (Paris ; INSERM, NeuroDiderot UMR1141), à travers l’ancien DHU PROTECT (Département Hospitalo-Universitaire Promouvant la Recherche Orientée vers la Thérapie Précoce du SNC) et maintenant la Fédération Hospitalo-Universitaire “Identification Précoce des Trajectoires Individuelles dans les Troubles du Développement Neurologique” (FHU I2D2), ainsi qu’avec des mathématiciens à l’iBENS (Paris) pour le développement de nouvelles méthodes d’apprentissage profond pour la détection de phénotypes cellulaires et organoïdes subtils.
Outils et méthodes bioinformatiques couramment utilisés
Les projets de l’équipe impliquent des analyses transcriptomiques et épigénomiques à l’échelle du génome (ChIP-Seq, ATAC-Seq, méthylomique de l’ADN). Plus récemment, elle s’est tournée vers la multiomique unicellulaire (technologie 10X Genomics) pour identifier les sous-populations cellulaires les plus vulnérables au stress prénatal dans le cerveau en développement et qui pourraient représenter les cibles de futures stratégies thérapeutiques.
Bioinformaticien·nes de l’équipe
Delara Sabéran-Djoneidi et Aurélie de Thonel ont été formées grâce au Diplôme Universitaire DU “Omics” de l’UP. Elles travaillent en étroite interaction avec les bioinformaticiens de la Plateforme BiBs de l’EDC et de iPOP-UP, ainsi qu’avec les biologistes informaticiens de l’Université de Warwick (Prof. Sascha Ott). Zoi Ioannidou est une doctorante en bioinformatique co-supervisée par Délara-Sabéran-Djoneidi et Sascha Ott pour la problématique de la sc-multiomique dans les populations neurales purifiées. Anis est un doctorant co-supervisé par Valerie Mezger et Auguste Genovesio à IBens pour les aspects d’apprentissage profond des projets.