Club bioinfo

Le club iPOP-UP BioInfo rassemble des scientifiques qui souhaitent découvrir certaines approches et certains outils informatiques utilisés en génomique, en bio-informatique structurale et en bio-informatique d’images, et apprendre par la pratique sur place. Le club iPOP-UP BioInfo comprend l’Institut Jacques Monod (IJM), l’unité Épigénétique et destin cellulaire (EDC), l’Unité de biologie fonctionnelle et adaptative (BFA) et l’Institut Cochin.

Organisateurs du club iPOP-UP BioInfo

Emeline Bruyère (EDC)
Yves Clément (IJM)
Bertrand Cosson (EDC)
Virginie Courtier (IJM)
Olivier Kirsh (EDC)
Nikos Konstantinides (IJM)
Samuel Murail (BFA)
Olivier Taboureau (BFA).
Si vous avez des questions concernant le club iPOP-UP BioInfo, veuillez envoyer un e-mail à Virginie Courtier ou Bertrand Cosson.

Le club iPOP-UP BioInfo se réunit environ une fois par mois, le mardi de 12h30 à 13h30, principalement dans la salle de séminaire François Jacob (Institut Jacques Monod, 15 rue Hélène Brion 75013) ou dans la salle RH73 (Bâtiment Lamarck, 35 rue Hélène Brion 75013). Les personnes travaillant à l’Institut Cochin peuvent participer via Zoom. Les réunions se déroulent en anglais. Une collation légère est fournie. Pour la plupart des sessions, veuillez apporter votre boisson et votre ordinateur portable. Il peut s’agir d’un ordinateur Linux, Mac ou Windows. Nous vous informerons à l’avance s’il s’agit d’une session pratique, d’une présentation ou d’une discussion.

Les sessions du BioInfo Club précédemment organisées par Michael Lang (en 2014-2015), Virginie Courtier et ses collègues (en 2011-2014 et 2018-2020) sont disponibles ici.

Prochaines sessions

(12:30-13:30, 2e mardi de chaque mois, à quelques exceptions près)

13 Févr. 2026 : Nikos Konstantinidis – Single Cell RNAseq
10 Mars 2026 : Violaine Saint André – Réseaux de régulation
14 Avr. 2026 : Bertrand Cosson – Analyse comparée des transcriptome et traductome
12 Mai 2026 : Mélina Farshchi – Détection des méthylations par séquençage nanopore
09 Juin 2026 : Création de sites web à partir de Github

Précédentes sessions

13 Janv. 2026, 12:30-13:30 (salle F. Jacob) : PRÉSENTATION GÉNÉRALE – POUR TOUS
POSTCODE – Uncovering Hidden Post-Transcriptional Regulation in Omics Data (Ismaël Boussaid)

5 Déc. 2025, 15:00-18:00 (Fondation Victor Lyon) : PRÉSENTATION GÉNÉRALE – POUR TOUS
What Can Genomics Learn from Natural Language Processing? (Guillaume Gautreau)

18 Nov. 2025, 12:30-13:30 (salle F. Jacob) : PRÉSENTATION GÉNÉRALE – POUR TOUS
Sycomia: Advanced -omics analyses for translational research (Louis Chauvière)
Sycomia is a bioinformatics services company created by an ancient UPC post-doc. Sycomia develops comprehensive bioinformatics solutions to accelerate translational research in life sciences. We provide end-to-end services for single-cell, spatial, and multi-omics data analysis with streamlined workflows and robust analytical pipelines. A particular focus will be presented on our circulating tumor DNA (ctDNA) developments: variant detection, tumor burden monitoring, and predictive algorithms for therapeutic monitoring. We bridge the gap between complex -omics data and research applications, supporting research teams in translating discoveries into actionable insights that advance scientific understanding and therapeutic development.

14 Oct. 2025, 12:30-13:30 (salle F. Jacob) : PRÉSENTATION GÉNÉRALE – POUR TOUS
Using AI for reading/analyzing papers (Pierre Kerner and Marianne Malartre)

9 Sept. 2025, 12:30-13:30 (salle F. Jacob) : PRÉSENTATION GÉNÉRALE – POUR TOUS
Revolutionizing Protein Science: AlphaFold’s Impact and Beyond (Samuel Murail) Presentation

10 Juin 2025, 13:00-14:00 (salle F. Jacob) : INFORMATIQUE – AVANCÉ
Building Bioinformatics Capacity at Cochin: New Platform Overview & GPU-Powered Single-Cell Analysis (Benjamin Saintpierre, BIOINFORMAT’IC platform, Cochin Institute)

Potentielles prochaines sessions

Marc Baaden (IBPC) – Dynamiques moléculaires, protéines membranaires, réalité virtuelle
Jessica Andreani ou Raphael Guerois (I2BC) – Bio-informatique structurale, interactions protéiques
Anne Lopes (I2BC) – Prédiction de gènes émergents de novo
Matthieu Montes – Criblage virtuel