BiBs EDC

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Présentation

Nous développons et mettons à disposition des protocoles standardisés pour l’analyse de données NGS en épigénomique. Nous accompagnons les personnels dans leurs analyses bioinformatiques et biostatistiques, en favorisant leur montée en compétence et en développant leur autonomie. Nos services incluent notamment la veille technologique, des analyses spécifiques, ainsi que des formations personnalisées pour nos utilisateurs. Nous maintenons également l’accès à une ressource de calcul locale. Enfin, une partie importante de notre travail consiste à promouvoir les bonnes pratiques d’analyse et de gestion de données.

Le plateau comprend deux personnels permanents et accueille régulièrement des stagiaires ou apprentis.

Expertise

Notre expertise concerne l’analyse des données de séquençage haut débit de type Illumina et Oxford Nanopore. Nous pouvons vous guider sur l’analyse de différents types de données omiques:

Transcriptome (RNA-seq)
Méthylome (séquençage au bisulfite, ou détection directe en long-read par nanopore)
Localisation génomique de facteurs de transcription ou de marques d’histones (ChIP-seq ou CUT&RUN)
Accessibilité de la chromatine (ATAC-seq)
Conformation des chromosomes (Hi-C)

En complément des analyses ‘bulk’, nous renforçons nos compétences sur l’analyse des données ‘single-cell’, notamment grâce au réseau iPOP-UP.

Nous sommes également experts dans l’intégration de différents outils bioinformatiques au sein de worflows (Snakemake), ce qui rend les analyses reproductibles et accessibles à un large public de chercheurs. Nos workflows sont compatibles avec les clusters de calcul haute performance de l’Université Paris Cité (iPOP-UP, hébergé par RPBS) et de l’Institut Français de Bioinformatique.

Enfin, nous avons un savoir-faire sur le management des données (rédaction des plans de gestion de données, principes FAIR).

Services pour EDC

Design expérimental: conseils sur le choix de la technique de séquençage, la profondeur nécessaire, les contrôles, le nombre de réplicats biologiques…
Développement de workflows d’analyse de données de séquençage haut débit et accompagnement dans leur utilisation.
Accompagnement dans l’utilisation du cluster de calcul haute performance iPOP-UP et organisation de formations dédiées.
Maintenance et valorisation des outils bioinformatiques développés par les membres du laboratoire.
Formations à la demande sur l’utilisation d’outils bioinformatiques pour développer l’autonomie des utilisateurs.
Relecture d’articles ou de demandes de financement concernant des projets faisant appel à des analyses NGS.
Aide au recrutement de stagiaires, doctorant•e•s, post-doctorant•e•s ou ingénieur•e•s en charge de l’analyse de données omiques.
Recommandations de bonnes pratiques basées sur les principes FAIR pour la gestion et l’analyse des données.